在《宇宙小子》的世界里，由一组宝石战士保护宇宙免遭邪恶力量的威胁。主人公小男孩史蒂文·宇宙继承了母亲的宝石力量，与其他三位宝石战士石榴、珍珠、紫晶一起生活。剧集围绕他们展开，讲述了史蒂文和三位宝石战士姐姐一起，在日常生活中拯救世界，以及探索自身神奇能力的成长故事。
吉迪恩（铃木崚汰 配音）因为跟不上大部队战斗的节奏，而遭到了贤者阿雷斯（八代拓 配音）的驱逐，阿雷斯和队友们谎称吉迪恩是自己离开的。离开之后，吉迪恩以雷德之名开了一家药店，自己兼顾采药和卖药，这样安稳的生活对于他来说，似乎也是一种不错的选择。一天，雷德的老相识莉特（高尾奏音 配音）突然拜访了雷德的药店，原来，她从种种渠道得知，雷德正是当年失踪的吉迪恩。慢慢的，莉特留在了药店里，一边帮忙工作，一边展开了和雷德的同居生活。之后，雷德的妹妹露缇（大空直美 配音）、雷德曾经的战友亚兰德拉拉（雨宫天 配音）也纷纷出现在了雷德的身边。
恶女公主玛蒂娜因为自己抚养的帝国圣兽中毒身亡，被争夺皇位的哥哥流放落魄而死，她艰难寻找到重生的办法，决定重新养育圣兽，夺回皇位！重生后，她也知道了孵化和养育圣兽的真正方法，竟然是需要有才能之人的亲吻？！为了养育圣兽，玛蒂娜到处搜集有才能之人，但他们亲吻圣兽之后，却热情地问玛蒂娜：“亲爱的，我可以成为
动画剧情舞台为2047年，与人类之敌「D2」对抗而荒废的美国。指挥家「朝雏タクト」与「Musicart」的少女「命运」，在失去音乐的世界中各自为了自身的渴望，共同出发前往纽约。
这是每个孩子梦寐以求的寄宿学园。坐落于独角兽岛，索菲亚和其他新生必须与一只独角兽建立深厚的羁绊，方能解锁他们的魔法力量；仅有这样，他们方可习得成为这座岛屿及其魔法的备受尊崇的守护者之道。
