少年棋手江流儿在动荡的架空大明王朝中，为了国家的稳定、为了百姓免受战争的蹂躏，以围棋棋手的身份参与到大明皇帝和幽王争夺天下的殊死决战之中。整部动画以明朝棋坛和武林为大背景，用夸张的动画元素展现大明棋手和武者们在围棋场上、武林场上坚韧不拔的拼搏精神。
父战死，脉被废！昔日天才秦炎跌落尘埃，权位被夺，母亲受辱，受尽世间欺凌。濒死觉醒镇神狱，执掌囚禁十万神魔的上古至宝，习得《霸皇锻体术》。一月修为狂飙，斩堂兄，诛家贼，败雷族，收宗门长老为仆。一剑横空扫奸佞，踏血归来，重振秦族赫赫威名。
《万古神帝》改编自阅文白金作家飞天鱼的同名小说。 八百年前，张若尘身为明帝独子，天资绝世却遭青梅竹马的池瑶公主斩杀；八百年后，他重生在云武郡国的废柴九王子“张若尘”体内，这具身体体弱多病、毫无灵力，与母亲林妃在郡王府备受欺凌。觉醒记忆后，张若尘立誓向已是昆仑界主宰的池瑶女皇复仇，同时守护给予他母爱的林妃。他觉醒时空神武印记，凭前世经验和努力快速成长，岁末考核夺冠后，历经武市斗场厮杀、地府门截杀，进入武市学宫深造。
武之巅峰，是孤独，是寂寞，是漫漫求索，是高处不胜寒。逆境中成长，绝地里求生，才能堪破武之极道。凌霄阁试炼弟子兼扫地小厮杨开偶获一本无字黑书，不屈之魂成就傲骨金身，从此踏上漫漫武道！
全人类为之恐惧——。
经过南国小岛上和鹰冈的决斗，3年E班的各位与杀老师（福山润 配音）的关系进一步拉近。虽然暗杀活动仍在继续，然而这似乎已经变成了师生之间互动玩乐的重要环节。以茅野枫（洲崎绫 配音）为代表的学生们又开始策划更加精彩的暗杀陷阱。除此之外，他们帮助比琪老师（伊藤静 配音）追求乌间惟臣（杉田智和 配音），又或者磨刀霍霍与A班的精英们展开荣誉与尊严之战。与此同时，白先生带领堀部系成（绪方惠美 配音）卷土重来，而神秘的死神则将E班推向各位凶险的境地。随着最后期限一天天逼近，杀老师和学生们的关系变得愈加微妙……本片根据松井优征的超人气漫画改编。
