《英雄小学》围绕着一群超级学生——“火花小队”展开。在古怪又热情的老师火花先生的带领下，这些小英雄们齐心协力，帮助他人，解决问题，努力让世界变得更美好。当他们自身不完美的能力不足以完成任务时，他们会运用其他能力——科学超能力——来调查、观察、预测，并找到解决方案，最终扭转乾坤！
4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。
空（松冈祯丞 配音）和白（茅野爱衣）是网络世界里人尽皆知的传奇人物，两人在虚拟的战斗中所向披靡，甚至被称为传说一般的存在。然而，在现实世界中，兄妹两人却是连家门都不敢出的“御宅族”，患有严重的人群恐惧症。
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中田正义（内田雄马 配音）是一位成熟稳重的大学生，人生目标是成为公务员，内心充满了正义感的他总是给人一种非常正能量的感觉。某天夜里，中田偶遇了一位遭到了醉鬼纠缠的外国人，后来才知道，他的名字叫做理查德（樱井孝宏 配音），因为其杰出的坚定宝石的技巧，而被称为“行走的宝石”。理查德经营着一家珠宝店，中田的手中有一枚祖母一直珍藏着的宝石，他将宝石拿给了理查德鉴定，没想到就此揭开了祖母深藏了多年的秘密。以此为契机，理查德邀请中田到自己的店里来打工，中田就此步入了一个自己闻所未闻的全新世界之中。
