所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
克莱门汀，前祖拉农十二弟子之一，前漆黑圣典第九席克莱门汀。 虽然对自己的实力有着绝对的自信，但为了躲避某个魔法吟唱者，她却过着逃亡的生活。另一方面，在纳萨力克，他们在安兹的命令下开始收集武道的情报……
主角樊凌霄是凌霄阁少年掌门，将一条小鲇鱼进化成了吞天噬地的灵鲲，名震天下。但在一次对决中灵鲲进化失败，竟然弑主。因为夺舍涅槃的能力，一年后樊凌霄占据他人身体再次苏醒，凌霄阁因为掌门的死亡渐渐破败了，这一次他和他的灵鲲再次带领凌霄阁走向巅峰！
