在与查希尔一战后，三年间科拉缓慢地从当时所造成的严重伤害中复原并开始独自在世界各地旅行，企图找回与光之灵拉瓦的连结，但一直无法逃离内心恐惧的阴影。另一方面，曾担任素音保安队队长的库维拉偕同一批效忠于她的御金师整合了支离破碎的土强国，并拒绝将权力归还愚蠢的王位继承人：吴太子，她宣布即刻建立“土之帝国”。 在库维拉强硬攻占了兆服之后，她的下一个目标指向了共和城。科拉必须设法找回自己与拉瓦的连结，并阻止库维拉的野心。
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市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……
无数细线横亘在星空之中，如同一把巨大的刷子。三体星舰队将于400年后抵达。遥远蝴蝶扇动着翅膀，也改变了罗辑的命运，轰然打开的门后是世界中心——面壁计划开启。同时，智子所创建的破壁室内，破壁人一一就位……
