西历2008年7月，因科学过度发展，威力强大的超磁力武器，在战争中被发动，地轴弯曲，地壳发生大变动，五大洲爆裂，陆地下沉，在一瞬间把一半的地球摧毁！ 20年后，在残留的小岛上，一直以为在大变动后世上只余下他与爷爷相依为命的少年高立，在偶然间，在岛上海滩救了有与动物沟通能力的少女罗拉，因为罗拉的爷爷是科学家，所以野心家们便想捕捉罗拉对其作出威胁。来到岛上的坏人杀害了高立的爷爷，并捉走了罗拉，因此高立便踏上了拯救罗拉的旅程。
家住千叶县的17岁普通高中生高坂京介（中村悠一 配音）有一个14岁的妹妹高坂桐乃（竹达彩奈 配音），可是，很长一段时间以来，这个外表可爱的妹妹和自己的关系并不密切，有时甚至可以用冷淡来形容。妹妹的身上究竟发生了怎样的事情呢？终于有一天，一个关于桐乃的秘密被京介发现了。 可爱 的妹妹居然是宅系的兄控？！虽然桐乃百般否认，但事实不容狡辩。随后，原本只在妹妹身边出没的千金大小姐槙岛沙织（生天目仁美 配音）和毒舌少女五更琉璃（花泽香菜 配音）也渐渐的围绕到了京介的身边来，她们都和妹妹一样，是秋叶原系的御宅族。因为是兄控而觉得分外苦闷的桐乃，究竟会和妹控的哥哥京介发展出一段怎样妙趣横生的关系呢？
时为公元2202年。自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
本片讲述了一群兔子由于被封锁而与很多第三世界的河马作伴，在基乐永生与喧哗上等的冷战中，夹缝中求生存。并重新回到世界舞台，与鹰酱毛熊重修旧好的故事。
