传说，嘉南平原有一位神秘侠医...只要有需要的地方，他一定都会到，只要病人想活，他就会让他活下去。医生杜乐生（王识贤 饰）因20年前一场巨大灾难，离开令他失望的医院体制，从此隐身在小诊所中，化身医疗外送员，抢救紧急患者，也修补自己内心的创伤与愧疚。杜乐生与地方综合医院副院长李志豪（柯叔元 饰）间亦敌亦友的强强对决，加上处事强悍但内心柔软的女医生徐敏安（陈嘉桦 饰）总在关键时刻介入。然而接连不同的医疗事件发生，让杜乐生了解到他必须改革体制，也将引爆20年前大灾难真相所隐藏秘密。
《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。
工科医大理工学部的学生·掛田理（小泷望）。从年幼的时候开始就是个精力充沛的科学少年，只埋头于感兴趣的事情的怪人掛田，进入大学之后对恋爱等也不关心。为了寻求对任何事物的科学的理解，不擅长恋爱这个理论不能立的现象。这样的他爱上了学生食堂的姐姐饭岛（马场富美加）。饭岛用灭火器 扑灭食堂的大火，她的雄姿抓住了掛田的心。到底掛田的恋爱能成功吗？经过反复实验和验证，掛田开始了与众不同的恋爱努力！
善良的夏暖为患有肾病的继妹在南亚匹配到了肾源，到达后发现自己的肾才是继妹要的那一颗，开膛破肚之际，她终于看穿了表面柔和的继父和继妹实际藏着狼子野心，在南亚地下打手钟昕阳的拯救下，夏暖在继父为她“精心”举办的葬礼上惊喜回归……
