“只要我再升十级，就能再次开启基因锁，到时候我就能毁灭这个星球！”穿越未来，重生在一个学院垫底废柴的身体上，在这怪异与巨兽共存的未来世界，林修意外获得升级系统，超越人体极限，吞噬星空！
三年前的那场事故 使得凉宫遥以及鸣海孝之的人生发生了巨大的变化。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
认识一下 Kazuto，他想成为一名摄影师，但梦想落空了；而 Yayoi 则成功实现了成为模特的梦想。两个儿时的朋友渐行渐远……突然发现他们住在一起了！一开始，他们之间有一种尴尬的紧张关系，而 Yayoi 有一个不能告诉 Kazuto 的秘密……然后，一天晚上，事情开始发生变化……他们可能不仅仅是儿时的朋友吗……？！
