于2013年9月29日播出的《国土》第三季将紧承上季末的悲惨结尾，由Carrie (Claire Danes饰演) 和 Saul (Mandy Patinkin饰演) 收拾CIA残局及处理善后工作展开，但恐怖袭击随之而来的是政界与媒体掀起的轩然大波，让二人的事业与生活都难以重回正轨。同时，美国史上头号恐怖嫌疑犯-Nick Brody (Damian Lewis饰演)的下落将会如何？他的家人又将面临怎样的困境？
石墨（张嘉译 饰）和妻子栖霞（王海燕 饰）结婚多年，两人共同养育了一儿一女，然而，在生活平静的表象背后，石墨隐瞒了一个惊人的秘密。原来，石墨的女儿（付枚 饰）并非石墨亲生，而是毒贩霍忠实（倪大红 饰）的女儿，如今，被捉拿归案的霍忠实即将刑满释放，石墨的生活将因此而发生翻 天覆地的变化。
上海首富余佛影的孙子余创世因失恋，酒后开枪把表妹雷晓冬的恋人、自己的情敌给打死了。而这一切恰巧被沈紫君看到。沈紫君的哥哥沈心池在巡捕房当差，他为了讨好余佛影，便暗示沈紫君修改口供，好为余创世开脱罪责，然而妹妹坚决不从。余创世闻之气急败坏，并与沈紫君结下了冤仇。
潘向东（陈赫 饰）做梦也没想到，自己能够娶到当年风靡校园的校花罗洁（王鸥 饰），婚后，两人的小日子过得有滋有味，充满了幸福。然而有一天，罗洁突然毫无预兆的向潘向东提出了离婚，一头雾水的潘向东拗不过妻子的坚定决定，最终同意离婚。
上世纪三十年代，船舶大亨沈宏暴毙，留法独女言秋归国调查死因，与死而复生的沈家二爷沈君临上演猫鼠游戏，君临似友非敌，用层层隐秘的三重身份，步步为营算计沈家对头林祥生，上位之路危如累卵，言秋发小秦牧川似敌非友，助言秋追凶却暗藏私心，人心难测踏歧路，林祥生之女林静音，因爱生恨走向黑暗，人不识君，君不知我，背后是沈家，林家，卫家三家的惨烈往事，以及国家危亡时刻的不同抉择。
青年设计师秦放（张彬彬 饰）在一次寻根过程中，因一次意外与沉睡数十年的司藤（景甜 饰）相遇，在帮助司藤寻找身世真相的过程中，两人彼此相知并克服重重阻碍共同成长的故事。
