高中生四月一日君寻（福山润 配音）有着令他十分困扰的灵异体质，他总是能在不知不觉的情况下吸引大量的灵体。一日，偶然中他踏进了一间魔法商店，遇见了美丽神秘的店主壹原郁子（大原沙耶香 配音）。郁子告诉他这是一件帮人达成愿望的商店，四月一日君寻遂许下了希望能解除特异体质的愿望，可是这愿望售价昂贵，四月一日君寻不得不在店里打工来付清欠款。此间，他结实了沉默寡言的白目鬼静（中井和哉 配音）、厄运缠身的九轩葵（伊藤静 配音），以及一只造型怪异的名叫魔可拿的宠物。
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第一部： 20世纪末一个初冬夜晚，不计其数的奇异卡片突然从阴霾的天空落下，散布到世 界各地。没人知道它们从何而来，作用何在。一年后，一个世界闻名的冒险家、考古 学家向世界宣布，他掌握能将卡片变成巨兽的咒语，并能操纵它们战斗。随着幻兽的 出现，人类社会的平衡秩序被打破。政府为了改变混乱局面，组织了两年一届的世界 御兽师争霸赛。从中挑选有才能的人，以维护世界和平.故事主角之一——祺翔十分羡慕御兽师这种职业，机缘巧合得到一只幻兽momo,之后和小伙伴玄福，希茹，以及化敌为友的朋特，开始了他们圆梦御兽师的旅程，他 们经过一系列比赛的磨练，克服了种种困难，一步一步向梦想靠近，但在这时可怕的黑暗势力，正悄悄向他们伸出魔爪……
经过南国小岛上和鹰冈的决斗，3年E班的各位与杀老师（福山润 配音）的关系进一步拉近。虽然暗杀活动仍在继续，然而这似乎已经变成了师生之间互动玩乐的重要环节。以茅野枫（洲崎绫 配音）为代表的学生们又开始策划更加精彩的暗杀陷阱。除此之外，他们帮助比琪老师（伊藤静 配音）追求乌间惟臣（杉田智和 配音），又或者磨刀霍霍与A班的精英们展开荣誉与尊严之战。与此同时，白先生带领堀部系成（绪方惠美 配音）卷土重来，而神秘的死神则将E班推向各位凶险的境地。随着最后期限一天天逼近，杀老师和学生们的关系变得愈加微妙……本片根据松井优征的超人气漫画改编。
在未来，由于地球资源枯竭，人类面临着严重的死亡威胁，地球即将走向灭亡。科学家推出“立方计划（HEXA）”，旨在于太空中寻找一个人类宜居星球。全自动的人工超智能超级计算机HEXA被射向太空，经过100年终于找到了一个人类宜居的星球。但HEXA由于飞得太远，失去了与地球的联系，因此要利用太空虫洞回到过去。 HEXA利用新星球的资源生产了一批“立方机器人”。让他们通过太空虫洞，穿越时间回到地球的过去，将人类带来新的宜居星球。 维特，是第一个被通过虫洞发回地球的立方机器人，发现自己回到了2030年。数据库显示他已找到“立方计划”的设计者马斯，但马斯还是个8岁的小男孩。由于当时地球的科技还未达到让人类远赴太空的技术，所以维特只能留在这个未来科学家身边，慢慢陪他长大，陪他大冒险。 在马斯的视野里，他只是一个喜欢玩机器人玩具、参加机器人大赛的孩子，在他的身边有很多和他有共同兴趣或不同兴趣的小伙伴。而令他最兴奋的事，莫过于意外碰到了维特机器人。由于维特常态下是个40厘米高的玩偶机器人，所以能藏在马斯的书包里，是形影不离的好伙伴。他们在合作的过程中也逐渐体会到人类和人工智能合作的有趣和效能，于是他们幻想着和小伙伴们出发去改变世界。 有个别“立方机器人”被一个叫“墨克科技集团”的黑势力得到并利用。“墨克集团”是个以高科技研究为掩饰的幕后黑手，他们以一种邪恶的使用理念去开发人工智能，目的是为了满足自己的贪婪与野心。 随着故事的发展，维特发现地球之所以走向灭亡，完全是由于人类对人工智能的发展失误，黑暗势力为了能快速发展和扩张，造成了不可逆转的环境破坏和人工智能危机。于是他们计划修正人类对智能科技的应用方向。 正义的立方机器和人类小朋友并肩作战的过程，建立起深厚的友谊，互相成长，积极地面对不同的挑战，而小科学家们在有意与无意间肩负起善用人工智能和拯救地球的光荣任务，成为了人类的英雄。
不是全部。然而，埃利亚斯，智世能够接受自己了。卡塔菲鲁斯睡了一会儿，致恢复日常生活的她到达的是魔术师的这是对互助组织“学院”的邀请。大英图书馆的地下室...与以往不同的魔法师社会。与“人”的相遇和互动打开一扇新门。这是一个拯救我（你）的故事。
故事讲述了在22世纪，日本国已不复存在，取而代之的是被称为“第十七极东帝都管理区”的区域。人们生活在相互信赖、生活安逸的理想世界中，但一种奇怪的致死疾病“Degration”却开始在人间肆虐。而主人公风澄彻则被卷入了与另一个世界的纷争，不得不与另一个自己展开对决…
