普通的“阿仁”因为严重社恐转学来到了一所“没有人类的学校”。在这里，阿仁的同学都是五花八门的动物，老师也是扬子鳄、熊猫这样的珍稀品类。作为一个平平无奇的人类，阿仁在吐丝、筑巢、发光、蜕皮等课程上不知所措，又在体育课被各种动物轮番碾压，甚至连文化课都惨遭“滑铁卢”。
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深月绫进入了以淑女教育著称的黑美女子学院，意外发现校内备受瞩目的“白百合大人”——夜绘美绪，在无人的教室里沉迷于格斗游戏。由于校规禁止游戏，美绪要求绫严格保密。然而，再次相遇时，美绪识破了绫同为游戏玩家的身份，并恳求与她一较高下。面对美绪对游戏纯粹的热情，绫虽心生抵触，却未表现出理解她为何放弃游戏的态度，最终接受了挑战。在较量中，两人作为稀有的女性格斗游戏玩家，逐渐理解彼此，建立了深厚的友谊。随后，她们冒着被退学的风险，与同为隐藏游戏爱好者的前辈一之濑珠树和犬井夕一起，更加投入地沉浸在格斗游戏的世界中。
在平行世界的日本，铁道国有化根深蒂固。就读于桐生铁道高中的高山直人（福山润 配音）梦想进入国铁担任火车司机，从此过上安安稳稳的生活。为此他进入学生铁道OJT参加培训，并在此结识了性格过激的暴力女樱井葵（沼仓爱美 配音）和头脑简单四肢发达的岩泉翔（日野聪 配音）等人。好不容易通过了OJT的测试，结果直人他们却被分配到了东京中央铁路公安室第四警戒班。原来国铁长期赤字，许多地方线路长期废弃。为此有很多组织以极端的手段要求国家将铁路实现民营化，于是铁道公安队应运而生。直人他们成为铁路上不可或缺的重要存在……
与七大不可思议中的第七号、“厕所的花子”中的花子君结下不解之缘的少女：八寻宁宁。驱魔师一族的少年：源光。两人与花子君一起，为了将发生异变的七大不可思议以及怪异的传闻恢复原状，每日奔忙不停。忽一日，花子君说道：七大不可思议中出了背叛者。宁宁等人为了找出背叛者，开始逐一摧毁七大不可思议的依附物。他们已经摧毁了第二号“岬的楼梯”以及第五号“16时的书库”，剩下包括“厕所的花子”在内的五个…而在暗中，花子君的弟弟司，召集了七峰樱、日向夏彦、以及新成为七大不可思议第三号“镜地狱”的三叶，接近了宁宁等人尚未找到的七大不可思议……
