六千年后，曾经鼎盛的剑士一脉已经衰落，只靠剑仙朝青秋一力撑着如今的剑士一脉，以对抗三教共十二位圣人，李扶摇身负大仇，在小国小镇说书为生，去剑山，去妖土，去佛土，在报仇之后，这才明白，整个人间都有一个巨大的骗局，为何六千年前剑士一脉会开始衰落，为何这六千年来，以及六千年前的圣人剑仙们都求不得长生？朝青秋为什么假死留在人间？佛土那盏灯笼到底是什么？妖土的那条龙又是不是天外来客？天外到底有什么？这些东西，都随着李扶摇的不断成长，一步步都被揭开。
传说曾有一个古老而神秘的图腾领域，图腾代表着人类崇高的文明与美好的信仰，图腾兽更是用神奇的力量帮助人类，那时人与图腾兽共生，天下太平。但一场战争的爆发却将美好的生活毁于一旦。
出身贫寒，天赋普通的少年罗修，意外融合诸天大道本源至宝轮回珠，能自视身体，看透生命，改良武道功法秘籍。于是从此摆脱平凡，拳开天路，执掌轮回，身镇诸天万界，威压大道万古，成为一代大帝，傲视古今。
住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。 魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。
