神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
为从美杜莎女王手中夺取异火，萧炎在药老陪同下前往蛇人族居住的塔戈尔沙漠。却因口渴误闯绿洲，引来蛇人族高手月媚追杀。没有药老逆天协助的萧炎，眼看要被月媚杀死，生死存亡之际，幸得一位蒙面斗皇相救。不料蒙面斗皇一行人也为异火而来。美杜莎女王拒绝古河交换异火的条件，蒙面斗皇戳穿女王此刻是能量体，而真正的女王在某处准备吞噬异火，进化为斗宗。蛇人族攻击冒犯女王的古河等人，萧炎也在混战中感知到异火行踪，潜入女王所在的地心岛……
从小便能看见妖怪的少年夏目贵志。自从他从祖母玲子那里继承了与妖怪成为主从并将其名字书写在上的契约书“友人帐”以来，便与自称为保镖的妖怪猫咪老师一同，开始了将名字返还给妖怪的每一天。夏目与各种各样的妖怪与善良人们相遇，在构筑温暖的场所同时，也反复寄托着想要守护重要之物的想法。
故事发生在一个人妖共存的年代，传说中只要人类妖怪一起努力修行，就会到达无邪的境界，共升极乐。可是总有一些人，一些妖怪，因为自己的贪婪和欲望，而走上邪路。我们的主人公小鲤为了变成真龙，踏上了为100个人实现愿望的旅途，结果一出山就遇到了一个不捉到她誓不罢休的除妖师秋水。小鲤为了摆脱秋水，一路躲避，抗争，拜师，学艺，惹祸。交到了很多新朋友，遭遇了很多危机，增长了很多智慧，似乎不知不觉间也和秋水产生了一些微妙的友情。缘分这种事情啊，谁又能说清呢？就像女娲娘娘造人类和妖怪的时候，为什么要把善良和邪恶都放进他们的灵魂里呢？也许这一切都是考验，也许一切都是走向无邪的引导。
娆疆一行归来，李嗣源已称监国，借天子之名四处绞杀不良人，而身为天子的李星云也即将面临一个新的选择……
