小杰的父亲是名顶级猎人，却在他很小时就离开了他。多年后，天资聪慧生性善良的他也决定成为一名猎人，并借此去寻找素未谋面的父亲。在考取猎人证的过程中，小杰结识了杀手家族出身的奇犽，火眼睛族的唯一幸存者库拉皮卡和想要成为救济穷人的医生的雷欧力。并且和西索，一个视强者为猎物的神秘魔术师形成亦敌亦友的关系。经过重重考验，小杰顺利拿到猎人证，可是对小杰来说，考验才刚刚开始。
故事发生在从近未来到两百年后的历史跨度上，地球文明被三体用一种叫做智子的超级科技锁死，基础研究因而停滞不前。但人类仍然需要在此基础上不断前进来抵御即将到来的三体人的进攻，守卫自己的家园和人类文明。在更广大的基础上，三体文明和人类文明都是黑暗森林下的猎手，小心翼翼的保护好自己并且清理别人，为文明的存续而挣扎。
由于父亲欠下了一屁股债人间蒸发，无家可归的女儿桃园奈奈生（三森铃子 配音）只得流浪街头。在这途中，奈奈生帮助了一位被恶狗追逐的男子，男子告诉奈奈生自己名叫御影（石田彰 配音），而在得知了奈奈生的遭遇后，他意外的提出将自己的住处让给奈奈生。一间荒芜的神社——这便是御影所说 的住处，奈奈生自觉上当，却也没有别的地方好去。更令她吃惊的是，御影竟然是神社的土地神，而如今，土地神的头衔，自然也随着住处转嫁到了奈奈生的头上。
