这是导演佐藤达夫的突破之作，他后来凭借《火星继承者：抚子》一举成名。这部动画讲述了三个少男少女组成的“少年侦探社”侦破神秘案件的故事，充满了戏仿的元素。五年级的小学生花冈勇和她的同学月影俊、雪见聪在一间仓库的地下室里发现了她们祖先——新选组的记录。三名少女意识到她们的使命是对抗邪恶的黑天狗一族，于是她们带着“新选组”（一群正义的盟友）给予她们的三件物品，出发去惩罚黑天狗一族以及在小镇上肆虐的各种恶棍。
故事发生在清朝末年，小福贵的爷爷是慈禧的御用厨师，深受其重用，小福贵从小就跟在爷爷身旁学习做菜的手艺，对爷爷十分敬仰。然而，爷爷却意外的被卷入了一出阴谋之中，被误当成下毒的罪魁祸首投入大牢秋后问斩。为了还爷爷一个清白，查清事件的真相，小福贵毅然踏上了旅途，他要凭借自己的力量获得十八把金厨具，将洪家菜的风格发扬光大。斗志昂扬的小福贵自然吸引了幕后黑手老K的注意，亦成为了他想要除掉的对手。在冒险的途中，小福贵结识了想要刺杀慈禧太后为父母报仇的侠女小飞蝶，两人相互帮助相互扶持。最终，小福贵能否达成自己的心愿呢？
西元1999年，一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船，之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞（還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實），而組成了統合政府。並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
一个神秘的名叫珠露露（ジュルル）的婴儿突然出现在少女们身边，最先发现她的真中啦啦因为各种原因自然而然地成为了她的母亲，暂时照顾她，升级为“妈妈”。此外，新系列中还将出现一个神秘三人偶像组合。分别是珠音，花音，日音。
