超迷你战士与超超迷你战士通力合作，利用加减乘除的力量将所有烦恼星人全部变回烦恼蛋。但新的烦恼星人“恶果大王”就此登场，想女皇和萌的乱来之力让超迷你战士和烦恼星人频繁变人。另一边，疯癫的旋女贝比又来捣乱，超麻烦战士又惹出了大麻烦。正能量的女娃博士率领超迷你战士和超超迷你战士齐心协力打败烦恼和麻烦，拯救人类。
近卫昂（井口裕香 配音）家世世代代都作为凉月家的管家而存在，以此与凉月家族形成了深厚的羁绊。可是，管家的职位只能由男子担当，为了延续祖先的传统，近卫昂女扮男装隐藏身份，成为了大小姐凉月奏（喜多村英梨 配音）的管家。坂町近次郎是一个普通的男生，由于童年的遭遇，长大后的次郎开始变得无法从容的面对女性，这一现象一般被称为“女性恐惧症”。由于这种特质，次郎发现了近卫昂的秘密，为了掩盖事实，凉月奏以治疗其恐惧症为条件，要求次郎保守这个秘密。从此，在害怕女性的次郎身边，开始出没大量外形可爱性格活泼的女生，次郎快乐的校园生活正式开始！
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基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
