某天，家里蹲的啃老族绪山真寻一觉醒来发现自己变成了“女孩子”！？正当真寻不知道镜子里的美少女是自己而陷入混乱的时候，跳级进入大学的科学家妹妹绪山美波里出现了。她透露在饮料里加了一种奇怪的药物！
在《宇宙小子》的世界里，由一组宝石战士保护宇宙免遭邪恶力量的威胁。主人公小男孩史蒂文·宇宙继承了母亲的宝石力量，与其他三位宝石战士石榴、珍珠、紫晶一起生活。剧集围绕他们展开，讲述了史蒂文和三位宝石战士姐姐一起，在日常生活中拯救世界，以及探索自身神奇能力的成长故事。
二十年前，世界各地突然出现了为数众多的“灵墟大门”，从中喷涌而出的灵气会让接触到的人觉醒异能。这些觉醒了异能的人，被称之为“灵武者”。与这其中，“空间系”灵武者因为在“兽潮劫难”的突出表现以及其觉醒人数的稀少，成为了最强的代名词。江南在灵州江城的孤儿院长大，从小立志成为最顶级的灵武者，十六岁的他觉醒了最强且最稀有的空间系异能，成为灵洲第二个空间系异能者。本作品的故事就从这里开始……
故事发生在名为“昊陵学园”的武术训练学校之中。拥有悲惨过去的九重透流（松冈祯丞 配音）带着满心的愤怒和抱负来到此处就读，希望能够在这里磨练技艺，变得强大替死去的妹妹报仇。
身患绝症濒临死亡的苏小白意外来到了另一个世界，并被这个世界的最强者星灵王龙鸣残存的灵魂附体，得到了最强大的异能“暗之无限”。
