《雄兵连》系列是国内首部3D战争科幻类动漫作品，《雄兵连II诸天降临》为该系列故事最新续作，描述了在神河宇宙中各星系文明之间发生的科幻战争，一支由超级基因继承者们组成的军队——雄兵连，在地球面临外星入侵时一起奋勇抗敌的故事。本系列动画通过庞大完整的世界观，为观众粉丝展现一个史诗级动漫巨作。
稻叶夕士（阿部敦 配音）是刚刚考入了东条商校就读的一年级男生，因为童年时代的不幸遭遇，稻叶一直以来都寄宿在亲戚的家中，过着寄人篱下的生活。如今，考上了寄宿制的高中，稻叶对未来自由的生活充满了憧憬。
喜欢天空，喜欢摄影的普通高中生森宫依人（冈本信彦 配音）和体弱的姐姐森工苍乃（中原麻衣 配音）相依为命。在一次拍摄天空的过程中，依人和命定的少女四方茉莉（能登麻美子 配音）相遇，这个活泼开朗的女孩让依人很有好感。因为一些意外，茉莉住进了依人的家，和依人的同学石月真名（本多阳子 配音）等也成为了好友。恰巧的是，真名的妹妹小依（清水爱 配音）和依人的姐姐苍乃住在同一家医院。于是，依人和真名等的联系更加紧密了。随后出现的一些事件，让依人认识到原来茉莉是传说中的“夜娲人”，拥有超强能力和不死之身，而许多事情的真相依人却还不知晓……
“祇园精舍钟声响，世间诸行总无常。沙罗双树花说法，盛极必衰是沧桑。”
天启元年，机关盛行，新旧党派，争权谋乱。齐南府秀才沈问，擅木工机巧之术，某日在路上无意间卷入一起皇宫秘宝失窃案，由此结识了锦衣卫总旗沐思卿。沈问发现锦衣卫寻找的秘宝竟然是当年导致他满门被灭的六合兽图，六合兽图内有皇朝隐秘，为了寻找灭门仇人以及解开六合兽图的秘密，沈问决定暗中布局混入北镇抚司寻找当年真相。
东京夺还编、开戦。
