在城市漂泊惨遭爱情事业双重打击的社畜郑达前（乔欣饰）意外得到了一笔拆迁款，返乡生活的她在旅途中遭遇了一场火流星引发的磁暴，来到了平行时空。破碎的家庭重归完整，错失的初恋慕子李（马思超饰）也奇迹出现，无法返回原世界的郑达前抓住这次机会，将以前的遗憾一一弥补。然而，正当生活 有了起色，火流星再度出现，郑达前和慕子李即将成为被分割成两个世界触不到的恋人。
大清雍正年间，重臣丧期竟有人伺意寻欢，四阿哥弘历（何晟铭 饰）来到风月场所宜春山庄查访，发现吴文斌被人刺杀，珠宝失窃。弘历查处了前来寻欢的几名大员，并暗中查访刺客，终于查明杀手是赛貂婵。赛原名宋田田（蒋梦婕 饰），是淮阳盐帮帮主宋知庸（吴岱融 饰）的义女，她与吴文斌有不共戴天之仇，当年吴抄斩了她们全家，她因不在家幸免于难。宋田田掉入官府所设陷阱，弘历出手相救。陷阱是弘时（李泰 饰）所设，雍正并不知情，他要弘历一天内破案。证人陈六吃了苏公公（任学海 饰）送的饺子气绝身亡，这一切都没瞒过弘历的眼睛。第二天他向雍正汇报破案经过并提出自己的观点，弘时趁机攻击弘历，雍正闻听弘历要让八叔进京，立刻口吐鲜血......
《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。
