韩武穿越到了一个人人皆可成神的神域文明，只是这个身子的原主人却是个废柴可怜虫，就算在年满18岁觉醒神域后，也因为眷族是毫无用处的低等蝗虫而饱受欺凌，最终怅然离世。而穿越而来的新生韩武却获得了唯一的生命献祭能力。为抵抗校霸的霸凌和找到身陷乱星海父母，韩武凭借能力，一路逆袭。在无数个文明的游历期间，韩武结识了大量好友，并且实力获得极大的提升。最终韩武成为拥有无上神力的强大神王，并于乱星海找到了父母。
公元2307年，地球的化石燃料枯竭了。经过将近半个世纪的建设后，建成了全长5万千米、以3条轨道升降机为中心的太阳能发电系统。为了建造出这个能制造半永久能量的巨大建筑物，世界形成了3个巨大的国家联盟：以美国为中心的“世界经济联盟”，通称UNION；以中国、俄罗斯、印度为中心的“人类革新联盟”；新欧洲共同体AEU。由于轨道升降机过于巨大，防卫变成了十分困难的任务。但各国军队依然为了自己的威信与繁荣进行着大规模的zero-sum game（任何一方都得不到好处的竞争）。这样的世界，要为其花上句号的组织出现了——拥有机动战士高达的“天人”私人武装组织。他们为了消除世界的纷争，展开了超越民族、国家、宗教的作战行动。高达驾驶员刹那•F•清英决心改变这个世界。
拥有极高游戏天赋的打工人陆北，魂穿当下最热门游戏“九州世界”中，成为游戏NPC。然而，他一想到玩家们常常违背游戏规则，欺负游戏里的NPC，为了避免自己也有相似遭遇，他励志要在这里变强。不久，一群满怀怨气的玩家们集结起来，发誓要让游戏里的大魔头魂飞魄散。 除了陆北，他就是那个所谓的魔头！
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
