青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
大好真人（石谷春贵 配音）是一位非常平凡的男子高中生，和大部分的同龄男生一样，真人对游戏和那些勇者斗恶龙的古老传说有着很大的兴趣。唯一令真人感到困扰的是，他拥有一位对他过度保护和过度关心的母亲真真子（茅野爱衣 配音），虽然明白母亲是因为非常的爱自己才会如此表现，但母亲的爱常常令真人感到喘不过气来。
围绕桃夭、柳公子、磨牙一行在京师的游历，展示了人与人，人与妖之间的距离或许并没有想象中的那么难以逾越。无论是桃夭与丁三四的互动，还是老张带给柳公子跨越人生和厨艺的指点，亦或是磨牙面对傒囊时的左右为难，都让一行人各自获得新的成长。而同时，封无乐，陈白水等人也获得各自的救赎，或许人生旅途就是这般互相影响，五味杂陈。
恶棍们想利用龙的生命力为非作歹，两个来自不同世界的少年用他们新获得的忍者力量保护龙免受侵害。
现代少年莫梵，在一次偶然事故后，变成天赋灵纹被夺的莫家嫡系少爷莫梵。在”金手指消息早知道“（早大人）的帮助下，莫梵恢复了天赋，并从早大人提供的信息中，得知青玄王宝藏的消息，同时也提前预知了爷爷数日后就会走火入魔的消息。为得到青玄王留下的传承来救爷爷，莫凡向青玄王的残魂立下心魔大誓……经历一系列事件，莫梵恢复并提升了自己的天赋灵纹。在成功解决家族内乱之后，为了救回为自己挡招而魂魄受损的侍女小玉，莫梵努力获得进入北风学院的名额，却从此际遇非凡，人生风卷云涌，开始了一代丹圣、商神、武帝之路。莫梵在帝都北风学院获得神秘高人虓台丹士的赏识，得以修习真火化气之法，并拿到修复小玉魂魄的关键道具。本以为能够成功将小玉魂魄修复，小玉却反而发生了强烈的异变，分裂成两个人格。而虓台丹士表明这可能与她的身世相关。为了治好小玉，莫梵一路跋涉妖灵域、西陵域，找寻其身世之谜。最终在西陵域，莫梵弄清小玉乃是巫族圣女，也正好撞上了血妖王灭世的阴谋。为了小玉，为了苍生，亦为了与血妖王有血仇的青玄王，莫梵以凡人之力苦苦对抗近神的血妖王。终在伙伴的爱与帮助之下，成功战胜了血妖王，得到了重新建立世界的机会。
