经历了一番波折，曾经的暗黑系中二深度患者富樫勇太（福山润 配音）终于和现役中二中毒者小鸟游六花（内田真礼 配音）确立了恋爱关系。因妈妈出差和爷爷的失误，六花暂时借住在勇太家中，二人开始实质的同居生活。转眼他们升入了高二，青春气息鄙人的校园内，一色诚（保志总一朗 配音）换了新的发型，丹生谷森夏（赤崎千夏 配音）发誓君临校园，凸守早苗（上坂堇 配音）和阿森的爱憎对决依然继续，变成三年级的“残念生”五月七日茴香（浅仓幸美 配音）则冷感继续。
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有一天在美味小镇突然出现“儿童午餐主题公园・多莉米亚”。虽然由依一群人享受着饭团塔、面包摩天轮、拉面过山车等以食物为主题的游乐设施，但是玛丽变成布娃娃等等异变，都发生在园内……
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。
——虽然很突然，但世界已经灭亡了。1000年前一度毁灭的地球，由名为“Y”的传说中的时钟技师以时钟装置再构筑而成的世界。吊车尾高中生·见浦直人，与“Y”所留下的自动人偶琉珠，以及天才时钟技师少女·玛丽相遇了。当他们的能力相互咬合时，命运的齿轮开始转动。不断重复破裂与延命，将即将崩坏的地球（“时钟机关之星”）修复的时钟朋克·幻想剧！
