《粗点心战争》讲述改编自コトヤマ创作的同名漫画作品。位於日本超偏远地区的某家粗点心（古早味零食一类）店中，有一位梦想著成为漫画家的少年「鹿田九」，但他却被自己的父亲「鹿田洋」以半强迫的方式要求继承店面经营。此时一位拥有亮丽外表的千金大小姐「枝垂莹」突然登场，并透露出洋身为业界名人的事实。以此为契机，一连串环绕著这家小店的粗点心喜剧就此开演！
自从连接异次元与当前世界的通道“门”突然出现后已过去十余年，世界上出现了被称为“猎人”的，觉醒了非凡力量的人们。某一天，遭遇了隐藏在低级地下城中的高级双重地下城后，身受重伤濒临死亡的水篠旬面前出现了神秘的任务窗口。死到临头，决定接受任务的水篠旬，成为了唯一能够「升级」的人——
在外人眼中不可亵渎的高贵男神，却被重生而来的她压在身下万般挑逗，明明长着一张再纯洁不过的脸蛋，可不安分的手怎么总是朝下滑？明明是他先招惹的她，最后却被她欺上身、绑在床、吃干抹净外加附送一生一世的头衔。
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
传说曾有一个古老而神秘的图腾领域，图腾代表着人类崇高的文明与美好的信仰，图腾兽更是用神奇的力量帮助人类，那时人与图腾兽共生，天下太平。但一场战争的爆发却将美好的生活毁于一旦。
这个星球被DS（达摩克里斯）科技军队占领，强AI（人工智能系统）是这个军队的首领。反抗AI和DS的鹰隼部队，对疯狗镇（DS试验场）进行肃清。原为疯狗镇电工却拥有既视感（短暂预测未来）的马三、神秘女子洛凝和改造人翎以及黑客小海一同反抗并逃亡。疯狗镇的主人（“神父”莫比）乘火箭逃离殖民星球，疯狗镇的众人即将被火箭烈焰活活烧死，马三为救众人连接了AI天眼卫星，成功阻止神父并和众人逃出了疯狗镇，这一举动暗示马三可能来自DS，马三也开始对既视感的来源产生怀疑？ 众人来到被一群末世难民占领的废弃驿站，这里的首领封子昂认出马三，称呼他为长官，随即自愿帮助马三找回记忆，但殊不知，这只是一场阴谋的前奏……
