汤姆策划了一个非同寻常的计划，利用可怕的梦魇来测试亚历克斯的新火焰服，这危及了龙的秘密。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
三年前的那场事故 使得凉宫遥以及鸣海孝之的人生发生了巨大的变化。
初三学生住之江圭太（武内健 配音）是一个普通的少年，但是，从双胞胎姐妹住之江亚香（竹达彩奈 配音）和住之江理香（巽悠衣子 配音）介入他的命运开始，他将彻底的摆脱曾经平凡的生活。亚香擅长家务，是个容易害羞的女孩，优秀的成绩让她有了能够接近圭太的理由。理香和姐姐正好相反，有些笨手笨脚的她一沾酒精即醉，在体育方面却有着过人的实力。姐妹两人唯一的共同点，就是在表达感情方面意外的热情和大胆，常常令圭太不知所措。一开始，姐妹两人的大胆举动常常让圭太感到头痛，但是，随着时间的流逝，理香和亚香的身上，都展现出了让圭太为之着迷的特质。同时，圭太正面临着一个严峻的问题，姐妹两人，他究竟该选择谁呢？
