永见祐（畠中祐 配音）是一名高中一年级的男生，喜爱文学的他立志成为一名轻小说作家，他经常会投稿参加一些轻小说创作比赛，但总是在第一轮就被pass。永见有一个名叫凉花（近藤玲奈 配音）的妹妹，凉花拥有美丽的外表和优异的成绩，在学校里担任学生会会长的职务，是同学们憧憬的对象。在家中，凉花自然对自己的废柴哥哥没有什么好脸色，总是冷淡相待。一次偶然中，永见知道了一个令他大受打击的消息，妹妹凉花所创作的小说竟然在轻小说比赛中获奖了，而小说的内容描述了一对非常相亲相爱的兄妹，和现实大相径庭。原来，在凉花的内心里，其实非常渴望和哥哥亲近。
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作品的舞台是战乱不绝的“肯修姆”大陆，其中拥有青之瞳的王国“瑟古亚”与拥有赤之瞳的帝国“尼特鲁多”围绕着大陆的占有率而不停开战，一直处于劣势的青之瞳的王国“瑟古亚”，因音速少年基亚的登场，改变了一直以来处于劣势的战况，故事便由此展开了。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
