《海底小纵队 第十一季》继续带领小朋友开启冒险。队员们深入海底、穿越丛林、探索极地，救助各类动物。在北极应对雷暴，助丽色凤头燕鸥回归；护草原犬鼠、熊猫等动物，处理海鼻涕、森林大火等问题；还探索洞穴、见证物种迁徙，传递环保、合作与勇气的理念，强化生态保护意识。
西元1999年，一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船，之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞（還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實），而組成了統合政府。並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
巽幸太郎（宫野真守 配音）表面看上去是一个平凡无奇的男子，实际上，他正在策划一个名为“僵尸乐园偶像”的诡异计划，他疯狂的复活了7个可爱的女孩子，让她们成为僵尸偶像，展开了一系列的活动。
一个在宠物店工作的女孩，拥有与动物说话的能力。
突然穿越到了深山老林中，还遇到了大明星？！等一下、这不是刚才看的电视剧剧情吗？专业吃瓜群众王小羽发现自己穿越到了热播电视剧，还一不小心打乱了剧情，成功引起主角们的注意……等一下.....
星陨之夜后的第十年，东海市遭遇前所未有的兽潮，期间守卫者左辉因擅离职守而犯叛国罪，被判死刑，缓刑十年。八年后，背负着“叛国者之子”骂名的少年左凡，在一次阴谋设计的战场猎兽中觉醒了超级战士系统！从此走上了流星般崛起的道路，在强势逆袭中寻找父亲叛国的真相，逐渐走上拯救世界的荆棘之路。
奇境男孩小宇迫降地球，飞船核心碎成20片散落家中，日常物品变身搞笑怪物。他和地球男孩徐言组成搭档，用魔法库召唤机甲装备热血战斗。从暴走扫地机到冰箱三兄弟，每集收碎片、打怪物、闹笑话。在一次次冒险中收获友谊，最终集齐碎片，留下传送门回家。
一次偶然中，真中淳平（铃村健一 配音）在学校的天台上发现了一位身穿草莓内裤的陌生少女，凭借着草莓内裤这一重要信息，被少女美貌迷住的淳平决心在茫茫人海之中将少女找到。功夫不负有心人，淳平终于将目标锁定在了名为西野司（丰口惠美 配音）的校园偶像身上，然而，她真的就是当初那位少女吗？ 原来，少女真正的名字叫做东城绫（能登麻美子 配音），不知真相的淳平却也渐渐的被东城所吸引，可惜此时的他已经和西野确定了恋爱关系。文化祭即将到来，淳平决定拍摄一个短篇作为作品，东城、北大路五月（小林沙苗 配音）、南户唯（水树奈奈 配音）等好友亦来帮忙，在准备作品的这段日子里，一段充满了纠葛的感情在这些人之间展开了。
