九千年前，仙武帝尊率领百万神将打入太古洪荒，却无一人归来，只有一缕真火遗留世间。九千年后，门派废徒叶辰，被赶出宗门，无以为家，机缘巧合之下偶得真火，再踏仙武之路。这是一个神魔仙佛并立的世界，这是一个诸天万域混乱的年代，叶辰的逆天征途，由此开始。
新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
