神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
凌然获得医疗系统之后，通过自己非人的努力，不断超越人类的学习极限，习得更高级更困难的外科术式，去解决更复杂困难的病例，目标是成为伟大的外科医生。
白一凡有一枚祖传古戒，能自由穿梭地球和玄幻世界，并发现地球上的动植物拿到玄幻世界，都会进化成至宝。一个苹果拿过去，进化成仙果。一枚鸡蛋，孵化出凤凰。一条土狗，有真龙血脉。吃个火龙果，都能修成无上火系神通。白一凡飞升仙界，这才震惊地发现地球，竟是诸天至高的鸿蒙祖界！
