三尊苏醒，孙悟空助天神度过危机。西行小队离散后，沙悟净下阴界救师父;八戒在黑水镇因过失而害死人;白狼小羽在恐怖森林收服一虎，又在古城被石兵围困，三藏等人归来解围，却又遇上暗影天王，悟空归队助战。三藏化解亡魂怨恨，西队亦告别故人，继续上路。
生活在现代的雪女后代冰室君，是个一有情绪波动，就会引发暴风雪并制造出雪人或者雪屋的新社会人。由于他对有些独特但很善良的同事冬月小姐的暗恋之情变得越来越强烈，有时候甚至会将周围冰冻起来。另一方面，被周围人认为很高冷的冬月小姐也对神秘的冰室很感兴趣。
万物有灵。能够召唤万物之灵的人，被称为召唤师。召唤泥土，召唤枯骨，召唤灵魂，召唤星辰…自古以来，召唤师的传说深藏在每一段历史当中，但终究还是被时间封印，被世人遗忘。新的时代，少年觉醒！立志成为拉面王的阿杰无意中召唤出了女神朵拉，从此走入召唤师的世界。一路上，他集结了稀奇古怪的同伴，合力对抗神秘的“毁灭者”组织。在一次次的战斗和冒险之中，少年们能否掌握自己的命运，发掘出世界的真相？
沐浴后能致死的剧毒之雨“Blue Cyst”所导致的大灾难“新月之泪”。在那之后经过100多年的时间，人类终于开始走上了克服这一灾难的道路。在荒废世界的村落“Nest”中坚强生活的人们身边，发现了搭载类双对思考型AI的类人“梅加斯”的身影。
据IGN报道，《尼尔：自动人形 Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预告。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。 然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……
