小蓝（雨婷儿 饰）的生日快到了，魔仙女王决定送给她一个非常珍贵的音乐盒。魔仙女王告诉小蓝，这个音乐盒里有一枚拥有强大魔力的宝石，这颗宝石能够在关键时刻帮助小蓝、美琪（赵今麦 饰）和美雪（刘黛希 饰）化险为夷。
主角修仁子在私立知立天堂学校的入学过程中经历了一段艰难的时期。
在穿越而来的无敌老祖的帮助下，燕涡和他的奇葩小伙伴们致力于复兴宗门，修炼升级扩张势力，打破老派宗门的垄断，瓦解修真界布局了300年的巨大阴谋，顺便谈几场轰轰烈烈的多角恋。萝莉老祖与废柴掌门的二三事，我祖上阔过，遇到困难翻家底，一次不够翻两次。
经历了两个冒险事件的吴邪从南沙回到杭州后，在修养期间，突然接到了久未谋面的发小老痒的电话。老痒和吴邪讲述了自己三年前在秦岭山腹地的冒险见闻，并邀请吴邪一同前去冒险，再探上古遗迹。吴邪和老痒出发前往了秦岭山脉探险，在这里，他们见到了巨大的哲罗鲑、壮丽的地下河瀑布、不可思议的上古神树…而一直神出鬼没的张起灵，竟也在暗中帮助着吴邪。
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青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
为了保护小鸡岛居民和这里平静的生活，伍六七和他的伙伴大保和小飞开启了去往玄武国的冒险旅程，去寻找身世的真相和解救小岛的办法，等待他们的又将是更多的未知与奇遇。
