《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
桃夭、柳公子、磨牙、滚滚一行为了寻找失踪的百妖谱，开启了在洛阳城的探险。期间遇到了绛君、咸鼠、佛眼、玄狏、婴源、人渠、狭怪以及智斗大BOSS百妖谱。
大三学生叶不凡，为了给母亲筹集医药费碰瓷，不料遇到不按套路出牌的女司机，被撞之后的叶不凡无意中穿越到幻境，获得了古医门的传承，从此精通医术、修炼功法，获得无数美女青睐。
海绵宝宝是一块穿着短裤衬衫打领带、暴牙大眼睛的黄色海绵，他生活在太平洋中央一片名为比基尼的海底之下。这里风和日丽，平静祥和，生活无忧无虑。海绵宝宝住在一个菠萝形状的房子里，与之为伴的是他的宠物小蜗（蜗牛）。开朗、纯真的海绵宝宝有许多好朋友，比如乐观单纯的派大星、性格古怪的章鱼哥、自私市侩的蟹老板还有力大无穷的松鼠珊蒂。平时他都在蟹老板的快餐店里打工，闲暇时就和好朋友们四处玩乐。这群性格各异的家伙们凑在一起，可真是闹出不少的笑话……
高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活，但是，他却能看到妖怪，并因此而苦恼。很多次，他都差点被妖怪夺去性命。一次偶然的机会，夏目巧遇猫神。猫神告诉他，夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字，玲子死后，妖怪为夺回名字，才纠缠夏目。只有把妖怪的名字还给他们，夏目才能恢复宁静的生活。为了回到宁静的生活，夏目与猫神拿着“友人帐”开始了寻妖之旅，一段段关于妖怪的感人故事，就这样被引出。
我从天渊中崛起，誓要做这时间的神明！
圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。
2772年，一颗来历不明的流星撞击地球，彻底改变了地球和部分居民的生活。经典动画《乐一通》人物的后代也参与其中，他们成为了拥有超能力的英雄，却依然保留着祖先古怪的性格。
故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。
