少年棋手江流儿在动荡的架空大明王朝中，为了国家的稳定、为了百姓免受战争的蹂躏，以围棋棋手的身份参与到大明皇帝和幽王争夺天下的殊死决战之中。整部动画以明朝棋坛和武林为大背景，用夸张的动画元素展现大明棋手和武者们在围棋场上、武林场上坚韧不拔的拼搏精神。
主角修仁子在私立知立天堂学校的入学过程中经历了一段艰难的时期。
人怕出名，猪怕壮！从未体会过出名是什么感觉的出糗大王阿衰，做梦都想出名！为此小衰衰敢为人先，不怕糗事多，缺点大，只要敢想敢做，用纯洁的小心灵来感动世界，总能成为万人迷！才高八斗大脸妹，运动健将小冲，腰缠万贯庄库，教书育人金老师纷纷跳出表示不服，谁都能成为万人迷，唯独小衰衰不行！
勇敢的男孩小宏接触到魔幻元珠，成为了充满正义感的元珠能力者，他和来自不同时空的少年能力者以及幕后技术智囊们一起，带领盟卡伙伴守护城市和人们。新一季里，自私的外星反派为了复苏自己时空的黑洞行星，不顾大地的安危夺走大量魔幻元珠，引发各种灾害。小宏团结伙伴们一起挺身而出拯救危机，在此期间他们了解到黑洞行星的过去，也用真诚让反派阵营的两位少年能力者逐渐醒悟而成为正义的伙伴，让大地和星际时空重现和平与安宁。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
