舞台是2030年的东京。东京近郊一带突然观测到了高频率的共鸣音，同时城市被红雾覆盖。而且，听到这声音的，不论动物还是人类，全都失去了意识。随着首都机能的麻痹，政府暂时将首都机能移往大阪，并预测这一现象为实体不明的病毒，出于对瘟疫的担忧而封锁了东京。但就在这一“大共鸣”发生6天后，失去意识的人们好像什么都没发生过一样地醒来了。之后，封锁都市·东京逐渐取回了城市机能，但以这一天为分界线，各种各样的“异常事件”开始发生，人们开始接连被更进一步的非日常所侵蚀。在此之中，还存在着解放了隐藏在血中的力量、觉醒为“英血之器”的年轻人们——他们被彼此的力量所吸引，不容拒绝地相遇，心灵相通，互相杀害，逐渐被残酷的命运连环所吞噬。
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
吊儿郎当的咸鱼哥，依旧在鱼神岛上享受着平凡且快乐的日常生活。而来自南天门集团的神仙们，为了调查失窃的神牌位，打破了小岛原本的平静。
一天，地球突然降落了一艘来自遥远星球的飞船，飞船里跳出来的，竟是百变霸王龙！这次，他拿着升级版百变高科技装备，再一次四处驱赶地球居民，地球居民面临严重的威胁！为了保护地球居民，宇宙护卫队重装出发！
