静电超强力？午饭变酸了！没想到这个世界除了有烦恼星人，还有麻烦分子！麻烦分子比烦恼星人还小，小到肉眼看不见，超迷你战士必须把自己缩小到千分之一，才能进入纳米世界打击新形态的敌人；麻烦分子看起来天真无辜，却能对人类世界造成极大的麻烦，到底它们从何而来，又有什么目的呢？快呼叫超迷你战士，打败你的麻烦！
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。最强而最凶的“恶”——一方通行，扫平学园都市的“黑暗”!
150年前，世界迎来末世，所有城市变成废墟。灾变后，生物发生未知的进化，被称为妖兽的怪物遍布世界，人类被迫建立起一座座基地城镇得以生存，而拥有各种对付妖兽能力的镖师成为新世界中连接人类聚居地的重要存在。少年陆仁伽为了调查师兄死亡的真相成为了镖师，活跃于东南片区，在历经镖局任务的各种冒险后逐渐接近真相……
和泉正宗（松冈祯丞 配音）是一名专注于创作轻小说的作家，曾经获得过新人奖，并就此踏上了写作的道路。不久之前，正宗开始了和没有血缘关系的妹妹和泉纱雾（藤田茜 配音）一起的同居生活，哪知道虽然住在同一屋檐下，但正宗几乎没有在家里看到过纱雾，因为纱雾是一个只待在自己房间里绝对不会出来的超级宅女。
五超人在执行任务中，意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码，在调查过程中，超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团五金公司。超人们为了解开谜题，踏上了寻找真相之路，五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来，五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石，并试图将超人改造成为自己的武器，从而称霸宇宙。超人们得知真相后，合力摧毁了五金公司，解决了宇宙的危机。
