林昭，一个出身贫民区、命运多舛的少年，一场突如其来的意外让他陷入了植物人的深渊，生命之光似乎已黯淡无光。然而，命运的转折往往藏匿于最深的绝望之中，一次偶然的机会，林昭获得了一个前所未有的游戏内测资格，这款游戏不仅是他年少时的梦想所在，更隐藏着改变他命运的神秘力量
中田正义（内田雄马 配音）是一位成熟稳重的大学生，人生目标是成为公务员，内心充满了正义感的他总是给人一种非常正能量的感觉。某天夜里，中田偶遇了一位遭到了醉鬼纠缠的外国人，后来才知道，他的名字叫做理查德（樱井孝宏 配音），因为其杰出的坚定宝石的技巧，而被称为“行走的宝石”。理查德经营着一家珠宝店，中田的手中有一枚祖母一直珍藏着的宝石，他将宝石拿给了理查德鉴定，没想到就此揭开了祖母深藏了多年的秘密。以此为契机，理查德邀请中田到自己的店里来打工，中田就此步入了一个自己闻所未闻的全新世界之中。
故事发生在太正三十年，帝国华击团花组的组长神山诚十郎（阿座上洋平 配音）出国公干，由天宫樱（佐仓绫音 配音）担任代理队长的职务，然而，神山的任期未满便突然返回小组中，还带回了一位名叫克拉拉（早见沙织 配音）的陌生少女。克拉拉隶属于莫斯科华击团，她所在的小组因为一场意外而全军覆没，克拉拉是其中唯一的幸存者。个性大大咧咧，宛如男生一般粗鲁的暴力巫女东云初穗（内田真礼 配音）、拥有超高智商的天才忍者望月蓟（山村响 配音）、身材高挑英姿飒爽男女通吃的帕尔玛（福原绫香 配音），花组的成员们齐心协力，试图调查莫斯科华击团覆灭的真相。
“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
