《熊出没之探险日记2》则延续了上一季的剧情，除了保留大家最爱的女性角色赵琳外，还加入了人类大反派“天才威”等新角色，使剧集更具矛盾冲突。
2013年，都市NO.6。这里是一个没有犯罪，没有疾病，没有战争，没有所谓痛苦和怨恨的理想国度。一直这么认为的12岁天才少年紫苑（梶裕贵 配音）和母亲住在NO.6的高级住宅区，在一个暴风雨的夜晚邂逅了颠覆他世界观的人——伤痕累累，有戾气的少年老鼠（细谷佳正 配音）。对老鼠感到好奇和好感的紫苑不但没有感到害怕还救了老鼠，结果被认为窝藏嫌疑犯，被剥夺了所有特权，继而沦为了公园管理员。经历了这场变故的紫苑对所生存的理想世界产生了怀疑，城市里也频繁发生恐怖的死人事件。而这些事件和NO.6有着千丝万缕的联系，愈发困惑的紫苑不知自己已处在生死边缘，在关键时刻，被四年不见的老鼠所救，来到了NO.6外圈的贫民区。在这里，紫苑逐渐认识到了NO.6的真相，而危险远没有离开他们……
一位名叫欧米的年轻小林僧人有着巨大的黄色头颅，他带领三名其他学生收集被称为“神功武”的强大物品，同时与同样觊觎这些文物的邪恶杰克·斯派塞展开战斗
源间色枝（狩野茉莉 配音）拥有着一副萝莉般的矮小身材，却意外的在槌球和将棋方面有着出色的天赋。个性活泼的她喜欢开玩笑，为了捉弄人，她也是蛮拼的。冈本（内山夕实 配音）留着蘑菇头，因此被源间嘲笑为“河童”，平日里温文尔雅的她，被惹恼后便会化身为可怖的修罗，除此之外，她的“战斗力”亦十分可观。酒巻真希菜（井上麻里奈 配音）个性温和，虽然常常被取笑，但却并不会真正生气。
外星人恐怖分子拿著一種稱為「菠蘿蛋」的化學武器來到了東京，目的是在地球試驗這種武器的威力。超人警備隊今次的任務，是要在東京找出外星人的蹤跡，並把「菠蘿蛋」一併毀滅。隊員水野最近戀上了一個貌若天仙的女牙醫，在毫無防禦的情況下，跟隨她到了一個奇怪的貨倉，在那裡，水野發現了「菠蘿蛋」，這位令水野神魂巔倒的美女終於露出了真面目……在愛情與地球的存亡兩者之間，水野將會如何取捨？七星俠又會如何把外星人的陰謀粉碎？
