穿越后的叶青发现，自己的器官在特定的条件下自己修炼，甚至有时候还会有它们自己的想法，在这些过于有自己想法的器官的帮助下，叶青在修行之路上一路高歌猛进，在其他人忙着修行参悟突破的时候，他的器官就已经帮他把路提前走完了，但也因为他的各个器官过于有想法，导致叶青时不时的就会遇上一些“小”麻烦。
小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
