动画剧情舞台为2047年，与人类之敌「D2」对抗而荒废的美国。指挥家「朝雏タクト」与「Musicart」的少女「命运」，在失去音乐的世界中各自为了自身的渴望，共同出发前往纽约。
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星陨之夜后的第十年，东海市遭遇前所未有的兽潮，期间守卫者左辉因擅离职守而犯叛国罪，被判死刑，缓刑十年。八年后，背负着“叛国者之子”骂名的少年左凡，在一次阴谋设计的战场猎兽中觉醒了超级战士系统！从此走上了流星般崛起的道路，在强势逆袭中寻找父亲叛国的真相，逐渐走上拯救世界的荆棘之路。
《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
