位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。最强而最凶的“恶”——一方通行，扫平学园都市的“黑暗”!
因儿时的一场误会而分道扬镳的姚灵与胡小臻，长大后在学院中再次重逢。痴情女主希望与男主续写甜蜜之旅，却因神秘管理员——马神的出现，“意外”频发。在马神的设计引诱下，二人成为了代理管理员，以帮助灵体达成夙愿为条件，来延续他们的爱情修行。通过一次次任务的历练，胡、姚二人感情日渐深厚，向着正果之路进发。但马神的真实目的逐渐牵连出世界背后的运转法则，越来越多的神秘和危险横亘在男女主之间。
