时为公元2202年。自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
阿澄皇哉（山中真寻 配音）是在大学里就读的大四学生，为了补贴家用，在课余时间里，阿澄还从事着家政夫的兼职。这一次，阿澄的雇主是一个名叫成濑圭一（寺岛惇太 配音）的男人，他独自抚养着年幼的儿子一佳（古木望 配音），阿澄的出现大大的缓解了他在家务上的压力。
