大乾王朝和太阳神宫大战在即。为了救出被太阳神宫当做女娲魂之碎片带走的小柔，古海决定韬光养晦，积攒人力和财力。此时恰逢大乾王朝神机营统帅李浩然巡查各地，古海得罪李浩然，被贬为斥候，前往恶人谷调查案件。查案途中却得知一个天大的秘密：太阳神宫利用谷内恶人在制作新式武器……
故事发生在十七世纪的中国，被镇压千年的恶魔黑狐王挣脱了桎梏，带着它的爪牙来到人间，四处作威作福，妄图成为世界的霸主。百姓们实在无法忍受水深火热的生活，于是来到少林，请求僧人们出谋划策，打败黑狐王。
这是一个忍者依旧活跃在舞台上的世界。然而和过去不同，如今的忍者多为富翁和政治家效力，帮助他们干一些见不得人的勾当，这样失去了信仰的忍者被称为“恶忍”。为了对抗日益壮大的恶忍势力，政府建立了半藏学院，将那里作为培养“善忍”的地方。天真活泼的焰（喜多村英梨 配音）、出身贫困却有着格外坚韧的意志的咏（芽野爱衣 配音）、沉默寡言丝毫不表露任何感情的日影（白石凉子 配音）、看上去像个小孩其实对自己身材十分在意的未来（后藤沙绪里 配音）、腹黑狡猾但实际上充满了母性光辉的春花（丰口惠美 配音），在学校里，这五名少女相遇了。
