全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
当梅尔曼掉了第一颗牙后，他担心自己不再是凯特的宝贝，于是在全城范围内寻找它，以免凯特用一只更年轻、更可爱的动物代替他。
故事发生在志城南中学，桂木真己（花江夏树 配音）是刚刚转来这里念书的学生，从小到大和母亲过着相依为命生活的他性格有些内向，但实际上，真己是一个心思非常细腻体贴的男孩。在机缘巧合之中，真己加入了学校的软式网球部，这项运动彻底改变了真己的中学生活，给他的校园回忆留下了浓墨重彩的一笔。个性非常认真的网球部部长新城柊真（畠中祐 配音）、性格桀骜不驯，常常语出惊人的雨野树（松冈祯丞 配音）、异常体贴，总是害怕给别人添麻烦的布津凛太郎（佐藤元 配音）、大大咧咧容易冲动的曽我翅（丰永利行 配音），和真己一起挥洒汗水的，还有这些个性迥异的部员们。
特别喜欢游戏和金平糖的高中生白柳启，有一天，被一个自称是魅音的神秘女子卷入了战场。 魅音对聚集起来的人们说：“你们已经没有户籍了。” “请成为实验观测器吧。”在场的每人都被给予了特殊的能力参加各种项目。 下定决心要摧毁这一组织的启，以谁都无法预料的能力和罕见的“脑”能力为武器，新时代的头脑派能力战斗开始。
黑峰朝阳（花江夏树 配音）是一个平凡的男子高中生，唯一的特点就是他无法隐藏住任何一个秘密。朝阳默默的暗恋着班上一位名叫白神叶子（芹泽优 配音）的女生，让朝阳怎么也没有想到的是，白神叶子的真实身份竟然是一只吸血鬼，如果朝阳将这个秘密泄露出去，那么叶子很显然会遭到退学，他也就再也不能见到她了，为了自己喜欢的人，朝阳真的能够保守住她的秘密吗？
