故事以近未来的地球为舞台，讲述善良小男孩剑斗和恶魔宝宝安娜的故事，一人一魔携手踏上大冒险，希望能拯救剑斗的母亲。
白色斗篷、高礼帽，单片夹鼻眼镜。出现在午夜的高楼，留下拿走宝石的通知函。这是我们熟知的怪盗基德。在《名侦探柯南》里，他是不亚于工藤新一和江户川柯南的明星人物。而他的真实身份则是高中生黑羽快斗（山口胜平 配音），为了调查父亲的失踪事件，扮起了父亲之前扮演的角色——怪盗基德，希望引出神秘组织的出现，进而调查出事情的真相。
努布拉五人组在冒险中遇到了新老朋友，面对了更致命的恐龙威胁，并处理了布鲁克林拒绝他们的后果。与此同时，布鲁克林的内心动荡不断加剧，她被深深地卷入了经纪人的恐龙贩卖和间谍犯罪网络。
