聚焦一个人类领导的一支超人类军队小分队，包括狼人、吸血鬼、弗兰肯斯坦的怪物和戈耳工女妖，TSS的黄鼠狼也会出现。
在人类和人造人共存的世界——人造人少女 Ruge 与搭档 Naomi 一起，在火星上执行某项任务。任务内容是，“消灭与政府敌对的 9 名人造人”。人造人少女 Ruge 的战斗故事由此展开——
故事发生在私立朱雀高校之中，山田龙（逢坂良太 配音）是校园中有名的不良少年，同学老师们看见他恨不得绕着道走，而山田龙本人亦对无聊束缚的校园生活深恶痛绝。某日，一场意外竟然让他和优等生白石丽（早见沙织 配音）互换了身体，因而得知了白石丽隐藏在内心里的秘密，并在同级生宫村虎之介（增田俊树 配音）的唆使之下加入了超自然研究部。同为部员的还有对超自然事件超级着迷的伊藤雅（内田真礼 配音）和不良少年椿剑太郎（佐佐木寿治 配音）。几人受腹黑的学生会会长山崎春马（福山润 配音）之命调查校园中存在魔女的事件，就此打开了新世界的大门。
龙墟界域，广袤无垠，宗门林立。羽神宗独占东方一隅，传承了无尽岁月，强者无数，难以撼动。门中设有天灵院，搜罗各处的天才少年加以培养，为宗门不断输送掌握妖兽力量的妖灵师。少年聂离，由羽神宗外门执事引荐，前往天灵院修行。在天灵院，聂离与神秘少女应月茹相遇。少女掌握了能够演算天机的天衍禁术，预感到羽神宗将会在各大家族的争权之中走向分崩离析的结局，而怀有赤子之心的聂离就是唯一能阻止这一切的天选之人。两人因此成为师徒，聂离必须在应月茹的指点下一步步登上羽神宗宗主之位。
