位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。最强而最凶的“恶”——一方通行，扫平学园都市的“黑暗”!
白云川市。一个除了学园都市之外，毫无特色的城镇。人们努力振兴城镇，吸引游客，但一切努力都失败了。然而，他们最终却以意想不到的方式吸引了公众的注意。一个行事粗鲁却又责任心强、干劲十足的可靠青年。新海翔。他原本过着普通学生的平静生活，但当白蛇津云神社的神器遭到破坏时，翔的日常生活发生了改变。在阴影中，存在着觉醒了超能力的少年少女。他本应只是生活在毫无特色的城镇里的另一个普通学生。他卷入了由拥有超能力的人展开的奇异命运……
在边境之地的万年青铜级冒险者的主人公雷特。他十分不幸地遭遇到迷宫深处的强大魔物，败北了。当他回过神来，已然变成骷髅人《skeleton》。如此一来他甚至都无法回到城镇里，在苦恼过后，他回想起魔物存在进化这件事。总而言之，他决定先以得到肉体为目标，在迷宫里打倒魔物。
两千年前，阴阳家后人有感于秦始皇焚书坑儒，叹息于阿房宫付之一炬，为“不教天下才情付之东流”，他开始在文人墨客辞世之时，将其元神凝炼成笔，以保其才情流传后世。两千年后，普通大学生罗中夏意外获得李白的青莲遗笔，从此拥有了笔灵带来的超能力。但好景不长，多方势力都对青莲遗笔的强大力量趋之若鹜，也令罗中夏屡涉险境。为躲避纷争，罗中夏一心寻求退笔之法却接连受挫，反倒开始了一段与“管城七侯”的不解之缘．...
故事发生在日本的明治末年，石川啄木（浅沼晋太郎 配音）是拥有着极高才华的歌人，遗憾的是，才华并不能当饭吃，石川总是苦苦的挣扎在贫困线上。为了赚钱，他将自己所住的公寓改造成为了一家私人侦探所，取名为啄木鸟侦探社，专门受理社会中的疑难杂案。个性温厚老实，总是毫无怨言的协助石川办案的金田一京助（樱井孝宏 配音）、东京帝国大学的高材生野村胡堂（津田健次郎 配音）、热爱文学，对一切都充满了好奇心的青年平井太郎（小野贤章 配音）、个性害羞软弱，却总是为朋友着想的萩原朔太郎（梅原裕一郎 配音），和石川一起探索各种怪奇事件真相的，是这些可靠而又善良的朋友们。
