小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
故事发生在2029年，被病毒袭击的日本陷入了混乱之后被名为“GHQ”的暴力组织全面接手，政府逐渐成为了傀儡。在这样动荡的大环境下，樱满集（梶裕贵 配音）只是一名平凡的高中生，过着属于他的平凡生活，直到那个叫做楪祈（茅野爱衣 配音）的少女出现在他的眼前。祈的真实身份为“葬仪社”的成员，这个社团以从GHQ的手上夺回日本自治权为目标不断进行着危险而残酷的战争。在组织首领恙神涯（中村悠一 配音）的引导之下，集成为了组织的一员，结识了同僚筱宫绫濑（花泽香菜 配音）和鸫（竹达彩奈 配音）等人。随着战斗的升级，各种迹象显示出集似乎拥有着神秘的力量，而躲在诸多敌人背后的究竟是怎样强大的存在，众人无从而知…
乐阳是一个乐天向上、热爱探索的男孩，无论什么事情，他都有着浓厚的兴趣，他最喜欢的就是研究太空和宇宙生命的知识，乐阳的爸爸也是太空迷，他很认可孩子这种勇于探索的热情，也相信人类必将更多地接触到外太空，所以十分支持他去主动探索。暑假的一个晚上，乐阳在家门口看着一本讲解宇宙生命体的书，正当他眼睛累了，准备歇息一下的时候，突然，一个不明物体从天而降，像流星一样落下，不偏不倚正好砸在乐阳的头上，让他摔个四脚朝天。乐阳吓了一跳，他赶紧从地上爬起来，看看到底是什么东西，细看之下，原来是一个像陨石一样的小圆球。可这到底是什么，乐阳弄不明白，于是拿给爸爸研究。仔细研究之后，爸爸发现这个小东西来头不简单，它有着能够和外星生命体产生联系，进行沟通的神奇功能，但是，这不是一般人能够使用的，必须到一个专门的教育机构去学习，才能掌握它的使用技巧。要学会使用这个小东西，学问还真不...
转校到冲绳的中村辉明 (Teru) 爱上了同班女生 Kiyan。这就是我梦想的高中生活的开始！但随后我意识到我根本听不懂她说的冲绳方言！ ！ Higa 总是帮她翻译方言，但事实上，Higa 暗恋 Teru！？一场文化恋情就此展开！！
