《萌宝战警》讲述了豆丁、可乐、可诺、石头四位天性正义善良的小朋友借助机甲武装的神奇力量，组成战队，在重重困难面前，众人齐心协力，善用科学，勇往直前，不畏艰险，用勇气与智慧战胜邪恶势力科学怪咖“铁算盘”，保卫家园小石城并寻找神秘失踪的豆瓣博士。
在偏僻的小村庄——雏见泽村过着愉快生活的少年前原圭一，得知了在这和平村庄中发生的分尸杀人案件。而此事件，又与被称为「御社神的作祟」的一连串离奇死亡案件有所关联。
