魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
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跟着墨菲家的脚步，回到那个孩子们恣意游荡，纵情畅饮啤酒，男人和电视形影不离的 1970 年代。
刚升上高中一年级的浅草绿，是个强调“设定即生命”的动画迷。虽然在素描本上描绘了各种各样的创想，却因独自行动就无法下决心的个性，而迟迟未能开始制作动画。同时，身为人气读者模特儿，被父母期待成为演员的同级生水崎燕，其实志愿成为动画师。拥有制片人气质的金森沙耶加，很快注意到了两位同级生的才能。三人为了展现脑内的“最强世界”，共同创立了映像研……
鹤见少尉拜访了夕张镇的动物标本剥制师江户贝。他制定了一个新计划，要给纹身密码的战争带来混乱：他要制作只有他自己才能识别的假皮肤。
