基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
时为公元2202年。自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
这是个美丽而神奇的传说。热情开朗的苗人少女那笙为躲避乱世，长途跋涉寻找梦想家园——云荒。然而云荒真的就是传说中的桃源仙境吗？伴随着她深入云荒的每一步，上演着一幕幕光怪陆离又惊心动魄的血雨腥风，而一个个个性鲜明、卓然不群的传奇人物也竞相登场，演绎了一幕幕凄美动人的神话故事…
神秘事件管理机构「民调局」的特别调查员沈辣，在执行任务中身受重伤，濒死之际接受了六室主任吴仁荻的传承-蕴含神秘力量的“种子”。苏醒后，吴仁荻师兄-广仁收其为徒。为寻天理图碎片，沈辣在历经天山狼冢、能量反噬、基金会密谋等事件后，终获吴仁荻认可，得到他给与的远古神器-罪罚双剑。与此同时，民调局的内鬼问题也更加扑朔迷离，沈辣和搭档孙德胜再次投入战斗。
周防勇斗（酒井广大 配音）是一个普通的中学二年级学生，不久之前，他的母亲过世了，勇斗因此和父亲之间产生了巨大的误会。一次偶然中，勇斗被传送到了名为“攸格多拉西尔”的异世界中，这个世界正处于战乱年代，各族纷争不断，都在争夺着统治者的宝座。勇斗凭借着自己在现代世界学到的铸铁知识取得了狼族人的信任和认可，一跃成为了领袖人物。成熟稳重但有着意外孩子气一面的菲丽希亚（末柄里惠 配音）、对待任何人都十分冷淡的吉可露妮（伊达朱里纱 配音）、聪明可靠的工坊主人茵格莉特（河濑茉希 配音），围绕在勇斗周围的，是这些骁勇善战的女武神们。
