天才少年古云，因为被上古神族中下神印，导致灵力减弱，成为青山门公认的废物，被贬为杂役。父亲因此被牵连，废除族长之位，囚禁在敌人飞卢家族的天牢里。这时古云发现了自己身上隐藏的秘密，并且跟古神达成合作协议。
戦争絶えぬ中世・百年戦争中のフランス。戦を嫌う処女で聖母の名をもつ魔女・マリアが夜な夜な戦場にサキュバスを遣わし、戦争をかき乱す。
三界皆惧的隐族尊主禾莞突袭天庭，上神南泽迎战，种玉小仙虞之瑶为保护南泽，舍命相救，与禾宛玉石俱焚之际意外重生，阴差阳错虞之瑶重生入了禾宛之体，重生后的禾宛隐之力大损，西海隐卫听昭前来帮助尊主禾宛恢复隐之力，之瑶自此被迫开启了双面女尊之路，人前佯装威严，君前娇俏可人……
花垣武道是个生活潦倒的打工仔，有天，他得知国中时交往的唯一一个女友橘日向，遭罪凶恶的恶党组织“东京卍会”杀害。
主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信，并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。拓也晚上如约来到剑之岬，发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来，并拔出枪来威胁他，千钧一发之际，一道闪电落下劈在了神社的御神石上，拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已经旁无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲。继母和龙藏寺完全不记得昨晚发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给他的遗物是可以让人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他为了找到父亲真正的下落展开了一系列调查。
故事讲述无聊的神明们制作了一个终极益智游戏《诸神的游戏》，从冰里长眠3000年，热爱游戏的前神明少女レオレーシェ苏醒后做出宣言，「带上这个时代最会玩的人！」，而被指名的フェイ是备受期待成为「近年最强的新人」的使徒，两人共同挑战难度极大且还没有人类能完全攻略的《诸神的游戏》。
